La primera estación intermedia es la de Cuenca Fernando Zobel situada en el punto kilométrico 195. La estación se encuentra emplaza a las afueras de la ciudad de Cuenca si bien está conectada con el centro urbano de la ciudad a través de un sistema público de autobuses urbanos. Se trata de la parada intermedia más importante a nivel de número de pasajeros que nos encontraremos en la ruta Madrid-Valencia del AVE.
La segunda y última estación intermedia es la estación de Requena Utiel ubicada en el punto kilométrico número 327 de la línea de alta velocidad y a unos 75 kilómetros de la estación de destino de Valencia Joaquín Sorolla. Es la parada menos importante de la ruta y por lo tanto la menos frecuente como estación de parada intermedia. La estación está situada a las afueras de ambos municipios en un punto intermedio entre ambos.
